정암사는 일반적인 산사와는 달리 부처의 진신사리를 모시고 있는 곳이니만큼 일반적인 가람배치와는 약간 다르다. 대웅전이 중심이 되는 다른 절과는 달리 적멸보궁을 그 중심으로 하고 있다. 하지만 적멸보궁이 절의 정중앙에 있는 것은 아니다. 일주문을 통해 절로 들어가면 관음전, 육화정사, 요사채, 범종루, 삼성각, 자장각 등의 건물들이 옹기종기 모여있는데 이를 지나 작은 개울 하나를 건넌 곳에 푸른 기와 지붕의 적멸보궁이 있다. 적멸보궁 뒷편의 작은 산길을 따라 올라가면 산중턱에 수마노탑이 있는데, 평지에 세운 것이 아니라 산비탈 절벽 위에 돌로 쌓은 축대 위에 있다.

경내의 중요 문화재로는 국보로 지정된 수마노탑 외에 강원도 문화재자료 제32호로 지정된 적멸보궁이 있다. 또한 절 옆의 작은 개울은 열목어의 서식지인데, 여기는 한반도 내에서 열목어가 자연 서식하는 남한지(남방 한계 지역) 중 한 곳으로서 천연기념물 제73호 정선 정암사 열목어 서식지로 지정되어 있다.

만항재로 향하는 길에 정암사가 있다. 정암사는 평창 상원사와 양산 통도사, 영월 법흥사, 인제 봉정암과 함께 우리나라 5대 적멸보궁(석가모니의 진신사리를 모신 곳) 중 하나다. 적멸보궁 앞 산비탈에는 지난해 국보(제332호)로 승격된 수마노탑이 있다. 정암사는 신라 자장율사가 당나라에서 진신사리를 들고 돌아와 643년 창건한 사찰이며, 수마노탑은 진신사리와 함께 가져온 마노석을 쌓아 만든 높이 9m 7층 모전석탑이다. 가파른 산길을 올라야 볼 수 있지만 햇빛에 반짝이는 수마노탑의 신비한 자태는 눈에 담아볼 만하다.